回答
レポートへのコメント通知は、担当教員ロールのユーザ向けにのみ届き、授業補助者ロールのユーザには届きません。
対応1
授業補助者ロールの方が教員であれば、学務支援システムの該当科目に担当教員として登録していただくことで、該当コースに担当教員ロールで登録されて通知が届くようになります。
対応2
授業補助者の方が職員やTA等の場合、学務支援システムの該当科目に担当教員として登録することができません。また、manaba管理者側でも学務支援システム連携しているコースには、担当教員として登録することができません（連携仕様の問題で、翌朝の自動連携処理で削除されてしまいます）。
この場合は、依頼フォームからmanabaに別コース作成を依頼していただき、そのコースに担当教員として登録して本来のコースの子コースとしてコースリンク機能で束ねていただくことで通知が届くようなります。