回答
履修生、担当教員等のロールのメンバー（manabaシステム管理者あるいは学務支援システム連携で追加されたメンバー）は、担当教員権限ではコースから削除することができません。担当教員権限では、ゲスト、授業補助者1〜5のロールのメンバーをコースから削除できます。
なお、休学等で学務支援システムから履修登録が解除されれば、翌朝5時過ぎの連携処理でmanabaのコースから削除されます。
また、学務支援システム連携で作成されたコースのメンバー（担当教員、履修生）については、manaba管理者権限で削除しても翌朝の連携処理で元に戻りますので、事実上削除できません。但し、連携処理から外れる翌年度以降であれば可能です。